In seizoen twee bevinden de leden van de Doom Patrol zich nu in miniformaat en zijn ze gestrand op Cliff's speelgoedracebaan. Hier beginnen ze om te gaan met hun gevoelens van verraad door The Chief, terwijl ze hun eigen persoonlijke bagage onder ogen zien. En aangezien elk lid voor de uitdaging staat om voorbij hun eigen traumatische ervaringen uit het verleden te groeien, moeten ze samenkomen om het nieuwste lid van de familie te omarmen en te beschermen: Dorothy Spinner, de dochter van Niles, wiens krachten een mysterieuze maar reële bedreiging blijven vormen voor het voortbrengen van de einde van de wereld.