Het tweede seizoen introduceert Aisha (genoemd Layla in de 4Kids en Rai Engels versie), de Fairy van Waves, en prinses van de verre waterige wereld van Andros (genaamd The Realm of Tides in de 4Kids versie). De onlangs uitgebreide Winx Club geconfronteerd met een nieuwe schurk, Darkar, wie heeft de Trix geworden zijn behulpzame bondgenoten en trouwe volgelingen. Ze voldoen ook aan de Pixies van Pixie Village, die ze elke band met psionically. Als tweedejaars studenten, zullen de zes Winx Club meisjes hun Charmix bevoegdheden te verdienen; een secundaire fee evolutie die aanzienlijk versterkt unieke magische krachten een fee en spreuken vertienvoudigd, die wordt bereikt wanneer een fee iets dat zal helpen haar in contact te komen met haar ware zelf doet.