Sous l’eau, se cache une base sous-marine, à l’intérieur, le docteur Atlanta complote contre New york. En effet, une fois minuit passé ce dernier devra attaquer la ville. Il veut faire redécouvrir au monde la puissance de l’Atlantide. Pendant ce temps, Peter Parker suit un court justement sur la disparition du peuple de l’Atlantide. Peter Parker apprend ainsi qu’on soupçonne que ce peuple était beaucoup plus avancé que la population actuelle, et cela, à cause de quelques objets trouvés. Il ne soupçonne pas encore que bientôt il devra faire face à une menace venant de cette technologie Atlante…