近未来、人類は偶然にもゲッター線の採取に成功する。だが、インベーダーの侵略により月が占拠される。人類は叡智の粋を集めスーパーロボット軍団を作り上げ、月面でインベーダーの撃退に成功した。 かつて世界を救ったゲッターチームのリーダーだった流竜馬は3年前に早乙女博士殺害容疑により逮捕・収監され「A級囚人」となっていた。竜馬は愛する早乙女ミチルを奪った凄惨な事故(実際は事故ではなくインベーダーによる殺害)により早乙女博士との確執を抱え、かつての仲間であり、早乙女博士を殺害した犯人でもある神隼人に根深い不信感を抱いていた。一方、解散したゲッターチームのメンバーである巴武蔵と後輩の車弁慶は共に日本軍に在籍していた。二人はトラックで謎の荷物運搬の任務中に、荷物を奪いに来たインベーダーの襲撃に遭遇。急遽、コンテナの中に隠してあったゲッター3で応戦した武蔵は、コンテナの中身が作成中の首だけの男が入ったカプセルであることを見てしまう。そしてインベーダーと応戦中の武蔵の前に、早乙女博士が駆る見たこともないゲッターロボが現れてカプセルは早乙女博士に奪われる。重傷を負った弁慶は、武蔵が庇護していた早乙女元気を預かることになるが、元気は父である早乙女博士の死を見たショックから失語に陥っていた。弁慶、武蔵から謎の男早乙女號を奪取した早乙女はゲッタードラゴン軍団を率いて人類に戦いを挑む。竜馬は早乙女博士を抹殺させるために仮釈放され、単独でゲッター1を駆ってドラゴン軍団に戦いを挑む。竜馬が早乙女に引導を渡そうとしたそのとき、「いけない」という號の声が響く。號の呼びかけで灯った光をキッカケにゲッターGのゲットマシンたちが合体し、巨大な真ドラゴンとなった。