フレイのもたらした1枚のディスクにより、地球連合はNジャマーキャンセラーの技術を手中にした。アズラエルの主張に踊らされ、核ミサイルは宇宙へ。連合による大攻勢を予想したザフトは絶対防衛ライン、ヤキン・ドゥーエとボアズに戦力を集結させる。 そして……ついに決戦の火ぶたは切って落された。 ザフトの軍事衛星ボアズへ、ピースメーカ隊…核を搭載したメビウス〈ゼロ〉部隊が突入する。次の刹那、閃光が吹きあがる。再び使用された核の炎は、一瞬にして要塞を壊滅させた。崩れ行くボアズを前に、自分が果たしたことを知って無限の悔恨にとらわれるすフレイ。「戦争を終らせるため」というラウの言葉は、虐殺と同じ意味だったのだ。 キラとアスランは核ミサイル部隊「ピースメーカー」再度の攻撃を阻止するために出撃。プラントへ向けて放たれるミサイルを、装備したミーティアで全て撃墜する。 時を同じくして、ナチュラルへの復讐に震えるパトリック・ザラは、ついに巨大レーザー兵器「ジェネシス」の使用を命じる。要塞ヤキン・ドゥーエの陰から出現したジェネシスの閃光が、ついに地球軍艦隊に向け、放たれた!