La deuxième saison, sous-titrée Project Dawn, ne comporte qu'un seul arc narratif s'étalant sur 10 épisodes. John Porter est enlevé par le terroriste pakistanais Latif, qui prépare un projet secret dont le nom de code est Projet Aurore (Project Dawn ). Porter étant l'un des deux seuls occidentaux qui pouvait identifier Latif, la dirigeante de la Section 20, la colonel Eleanor Grant, envoie le sergent Michael Stonebridge pour retrouver l'autre témoin, l'ancien opérateur de la Delta Force Damian Scott, qui se terre à Kuala Lumpur, en Malaisie.